Subijana cursó estudios en el Colegio de los Marianistas de San Sebastián, en la Escuela de Hostelería de Madrid en 1964 y la Escuela de Hostelería de Zarauz en 1965, donde fue alumno de Luis Irízar.

Realizó practicas en Zarauz, donde también fue profesor de cocina y francés, y en el Hotel María Cristina de San Sebastián.

Durante el tiempo que tuvo que prestar el servicio militar también trabajó como cocinero, y luego pasó a ser el jefe de cocina del mesón de Idiáquez de Tolosa, donde se casó en 1971 con Ada, su esposa.

Un año más tarde, en 1972, pasó a dirigir el restaurante del frontón Galarreta de Hernani. En 1973 decidió abrir el restaurante Zalacaín de Madrid, al año siguiente inauguró el restaurante del hotel Irache en Estella

En 1975 asumió las riendas del restaurante Akelarre y es su único propietario desde 1980. Posee las más altas distinciones en las guías gastronómicas de mayor prestigio: 3 estrellas Michelín, una puntuación de 9,50 en Gourmetour, 4 soles en la Guía Campsa. Su restaurante es miembro de la cadena Relais Châteaux.

En 1979 fue galardonado con el Premio Nacional de Gastronomía al Mejor Cocinero y tres años después recibió el Premio Club Gourmets al Mejor Cocinero de España.

Ha acumulado más 10 títulos de Cofrade Honorario de distintas cofradías del País Vasco y Navarra.

Desde 1986 representa en España a la Comunidad Europea de Cocineros, EUROTOQUES, en calidad de Comisario General. 

En 2003 fue nombrado Presidente de Eurotoques Internacional.

Ha sido profesor de cursos de gastronomía en diversas universidades americanas y europeas y asesor de dos escuelas de formación de Gipuzkoa. También asesora a empresas vinculadas al sector de la hostelería y la alimentación. 

En 1997 el Grupo Gourmets volvió a reconocer su trabajo concediéndole el Premio al Cocinero del año. 

Ha editado 8 libros de recetas: Menú del Día 1 (1992), Menú del Día II (1993), Denok sukaldari (1994), Cocina Riojana (coautor junto con Lorenzo Cañas), Mis Recetas de la Tele (1995), Pedro Subijana Cocinando para Inasmet (1998), La Cocina Vasca de Pedro Subijana (1999) la Cocina Vasca para el Grupo Ingeteam (1999), y más recientemente La Cocina de Akelarre, El Sueño de Pedro Subijana (Everest, 2001) y la Cocina Doméstica de Pedro Subijana (Astamenda-Ttarttalo 2.003).

Desde el año 1.992 presenta ante las cámaras de ETB el programa “La Cocina de Pedro Subijana”, siendo la emisión más veterana de la cadena con más de 1.400 programas emitidos.

Durante los últimos años ha seguido recibiendo galardones de diferentes estamentos y publicaciones como el Premio Club Gourmets al Mejor Restaurante 1999, Mejor Cocinero en “Lo Mejor de la Gastronomía” 2000, Premio Alimentos de España 2001, etc.

Akelarre, localizado en un paisaje de ensueño, el monte Igeldo de San Sebastián, con impresionantes vistas panorámicas al Cantábrico, mantiene su original estructura octogonal, cuatro de cuyos lados son ventanales desde el techo al suelo. Hay varios niveles de modo que se crean ambientes recogidos en distintos puntos y en varios comedores privados. El comedor, en una línea de decoración moderna, un hilo de continuidad con el espectáculo del mar de fondo. Actualmente se está construyendo el hotel con spa.