Nació en la prefectura de Kagawa, en 1970, con el don de cocinar como los más grandes del mundo. Con tan solo 11 años tuvo su primera experiencia frente a los fogones, en los que preparó un platillo de arroz y vegetales que sorprendió a su madre y que provocó que, a partir de ese momento, compartieran ratos cocinando juntos.

Asistió a una academia gastronómica y luego pasó 11 años trabajando con el reconocido chef Hirohisa Koyama del restaurante Aoyagi. Fue tan bueno su desempeño que tiempo después se convirtió en el chef del restaurante Tokushima. 

Tras su graduación a los 19 años en la Escuela de Kagawa, se forma en establecimientos que le permiten conocer a fondo la cocina tradicional japonesa y, después, la alta cocina y técnicas modernas. Inquieto por volar solo, en 2003 Yamamoto abre en Tokio Nihonryori Ryugin  su pequeño restaurante, donde combina la kaiseki ryori con la cocina molecular. Pronto llegan los reconocimientos. En 2008 ya luce dos estrellas Michelin. Dos años después entra en la lista de los 50 Mejores Restaurantes del Mundo y en 2013 ocupa el puesto número 22 por su desafiante trabajo. Actualmente, ya cuenta con tres estrellas de la guía Michelin.

Para Yamamoto, los alimentos japoneses lo son todo, al igual que el respeto a sus sabores naturales. Según este chef, degustar su riqueza local es toda una experiencia sensorial que debería enorgullecer a cualquier nativo, así como deleitar enormemente a los extranjeros. Los pescados y las verduras son parte fundamental de su menú, servidos en formatos tradicionales como sushi, sashimi y sopas.

Seiji Yamamoto, es todo un artista de la cocina tradicional japonesa y de los nuevos movimientos culinarios internacionales.